La realizzazione di un museo lapidario fu un’idea di Carlo Francesco Frasconi che nel lontano 1813 iniziò a raccogliere le iscrizioni in Novara e nel suo territorio da lui poi incassate sulle pareti del quadriportico. Nel 1992 nella sua opera di tutela, la Soprintendenza archeologica, con apposito esproprio, collocò, al primo piano della manica nord, l’intera collezione lapidaria, sostituendo i manufatti originali con delle copie in vetroresina. La stessa, per i noti diverbi con la proprietà, lasciò il museo incompiuto fino al 1998 quando Mons. Corti incaricò la neonata Fondazione di creare un più grande itinerario museale. Il 3 novembre 1999 la Fondazione, grazie al contributo di Radici chimica, inaugurò il primo nucleo di questo itinerario con il Museo Lapidario (dedicata a Carlo Francesco Frasconi) terza raccolta epigrafica in Italia dopo Roma e Ravenna. Dieci anni dopo, da un’idea di don Angelo Luigi Stoppa e grazie al contributo della Banca Popolare di Novara, di Fondazione Cariplo, della Fondazione CRT e di Compagnia di San Paolo, il 14 giugno 2009, venne inaugurato, dal Prefetto Amelio, il secondo Museo del Tesoro della Cattedrale (collezione Angelo Luigi Stoppa) collocato nella manica est. Infine, nel giugno 2014, grazie ad un bando europeo, veniva completato l’itinerario museale con l’inaugurazione (da parte del Card. Gianfranco Ravasi e di Mons. Franco Giulio Brambilla) della Sala Capitolare e del prezioso Archivio Capitolare nel quale si conservano i tesori del patrimonio documentaristico (a partire dal sec. V) fruibili nei diversi allestimenti museali (che cambiano circa ogni sei mesi).
Le tipologie dei manufatti esposte nei Musei sono molto varie: si passa dai cinque gruppi statuari in terracotta raffiguranti scene della Passione del Signore (secc. XVII-XIX) (sale 1,3 e 4), al dittico eburneo del sec. V (sala 2), ai preziosi manufatti del Tesoro del Duomo (oggetti liturgici, paramenti, arredi, statuaria lignea) nelle sale 5, 6, 7, 8, 9 e 10; subito dopo si incontrano i cippi, le are e le epigrafi di epoca romana del Museo Lapidario (secc. III a.C.-III d.C.) (sala 11); infine, nella sala 12, troviamo le ceramiche subgeometriche (sec. VI a.C.) e i vasi di manifattura apula (daunia e della Peucezia) del sec. IV a.C., di fianco, il monetario del Capitolo (monete di epoca repubblicana e imperiale romana e di fattura medievale e rinascimentale). Chiude il percorso la splendida Sala Capitolare (sala 13) con i manoscritti medievali e il patrimonio documentale dell’Archivio Capitolare